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微生物菌種的常見衰退原因：
1、質粒脫落導致菌種衰退當控制產量的質粒脫落，或因為自身的突變或外界條件導致細胞核內DNA和質粒復制不一致時，一些微生物菌種在多次傳代后沒有對產量起決定性作用的質粒，則菌種處于衰退狀態。
2、連續傳代
連續傳代是加速菌種衰退的重要原因，因為如果微生物菌種的傳代次數越多的話，那么整個微生物菌種中個體退化細胞增加越多，占據的優勢越快，這樣就會導致群體表型下降。
3、培養和保存條件不當
不良的培養條件，如營養、溫度、濕度、酸堿度、通風、保存條件，如營養、含水量、溫度、氧氣，不僅會誘導衰退微生物菌種的出現，還會促進衰退微生物菌種的快速繁殖。
避免微生物菌種衰退的技巧：
1、控制傳代次數盡量避免不必要的移種和傳代，傳代次數越多，菌種發生衰退的機會就越高。在實驗室檢驗或者是生產實際中，應嚴格控制傳代次數。在檢查培養基的過程中，所使用的菌種傳代次數不能超過5代，以防止菌種因傳代次數過多引起衰退影響檢驗。
2、利用不同類型細胞進行接種傳代
放線菌，霉菌用菌絲進行移種比分生孢子容易衰退，因菌絲是對核且有異核存在，所以移種霉菌適宜采用孢子。
3、良好的培養條件
不良的培養條件會衰退細胞的出現，因此采用適宜的培養基進行菌種培養，以減少微生物菌種衰退的幾率。
