（1）緩沖液在電泳過程中的一個作用是維持合適的pH。電泳時正極與負極都會發生電解反應，正極發生的是氧化反應（4OH--4e->2H2O+O2)，負極發生的是還原反應（4H++4e->2H2)，長時間的電泳將使正極變酸，負極變堿。一個好的緩沖系統應有較強的緩沖能力，使溶液兩極的pH保持基本不變。
（2）電泳緩沖液的另一個作用是使溶液具有一定的導電性，以利于DNA分子的遷移，例如，一般電泳緩沖液中應含有0.01-0.04mol/L的Na+離子，Na+離子的濃度太低時電泳速度變慢；太高時就會造成過大的電流使膠發熱甚至熔化。
（3）電泳緩沖液還有一個組分是EDTA，加入濃度為1-2mmol/L，目的是螯合Mg2+
等離子，防止電泳時激活
DNA酶，此外還可防止Mg2+離子與核酸生成沉淀。
